中学生では、英語・数学・国語・理科・社会の５科目を開講。受講する科目は自由に選択できます。部活動などで帰宅が遅い生徒のために、いったん自宅で夕食をとってからの遅い時間（２０：００～２２：００）にも授業をおこなっているようです。
◆必修コース 中１～中２対象 週に２コマ（１～２科目）
苦手科目だけを学習したい生徒や、部活動で忙しい生徒のために、無理のない通塾ペースとなっています。
◆標準コース 中１～中３対象 週に４コマ（１～４科目）
英語と数学を中心に学習したい生徒や、定期テストで良い成績をおさめたい生徒に最適なコースです。
◆充実コース 中１～中３対象 週に６コマ（１～５科目）
週３日の通塾で、高校受験に向けた対策をしっかりとおこなうコースです。
◆特訓コース 小４～小６対象 週に８コマ（１～５科目）
週４日の通塾で、集中的に学習するコースです。
◆ｅ－ラーニングコース
自宅のパソコンを使って「ペガサス学習システム」を受講するコースです。一部の教室では受け付けていないようですので、ご確認ください。
上記のほかにも、ペガサスではそれぞれの希望に応じたカリキュラムを作成しています。
また開講コースは、各教室によって異なるようです。
